La Sala de Reconocimiento de la JEP imputó crímenes de guerra y de lesa humanidad a 12 antiguos miembros del Comando Conjunto de Occidente (también conocido como Bloque Occidental desde 2012), al Bloque Móvil Arturo Ruiz, al Frente 6º, a la Columna Móvil Miller Perdomo, y a las Compañías Móviles Alonso Cortés, Ambrosio González y Simón Rodríguez de las extintas Farc-EP dentro del Caso 05, que investiga la situación territorial del norte del Cauca y el sur del Valle del Cauca, el cual tiene el mayor número de víctimas acreditadas ante la JEP con más de 200.000 personas y 138 organizaciones.
Los imputados fueron llamados a reconocer responsabilidad por 14 crímenes identificados en más de 5.000 hechos violentos investigados en Santander de Quilichao, Suárez, Buenos Aires, Morales, Caloto, Corinto, Toribío, Caldono, Jambaló, Miranda, Padilla, Guachené, Villa Rica y Puerto Tejada, en el norte del Cauca, así como en Florida, Pradera, Palmira, Jamundí y Candelaria, en el sur del Valle del Cauca.
La JEP los encontró responsables de los crímenes de lesa humanidad de: asesinato, traslado forzoso de población, persecución y otros actos inhumanos y los crímenes de guerra de homicidio, ejecuciones sin previo juicio, desplazamiento forzado, utilización, reclutamiento o alistamiento de niños y niñas; empleo, producción, comercialización y almacenamiento de minas antipersonal; atentados contra la vida y la integridad corporal; por dirigir ataques contra la población civil a través de las llamadas “tomas guerrilleras” y los crímenes de guerra de destrucción del medio ambiente y de destrucción de bienes culturales y de lugares de culto.
El conflicto armado causó múltiples afectaciones a los pueblos étnicos como la ocupación de lugares sagrados, las amenazas y asesinatos de líderes, especialmente médicos tradicionales, el desplazamiento, el confinamiento, el uso de minas antipersona, el despojo de tierras, y la afectación de los territorios, el movimiento indígena, la Naturaleza y la cultura. Además, generó marginalidad, exclusión, estigmatización y pobreza en la población.
La investigación arrojó que la violencia contra los pueblos étnicos no es nueva, sino que hace parte de un continuum de violencias que comenzó con el ingreso de los conquistadores europeos, pero no culminó con la independencia, sino que se extendió durante las guerras civiles y en el conflicto armado.