La Sala de Instrucción de la Corte Suprema de Justicia llamó a indagatoria al congresista liberal César Cristian Gómez Castro, por el delito de prevaricato, por hechos cometidos durante el segundo semestre de 2016, cuando habría nombrado a un funcionario mediante encargo sin los requisitos legales, mientras ejercía como alcalde de Popayán. En aquel entonces César Cristian Gómez Castro, encargó a Francisco León Zúñiga Bolívar, quien para ese entonces era jefe de la Oficina Asesora de Planeación, como alcalde, nombramiento que sería ilegal debido a que, según la estructura de la administración, Zúñiga sería un asesor y no un directivo del ente territorial, lo que iría en contra del marco legal que aplica a los encargos que puede realizar un alcalde.
Según las normas, el alcalde titular debía encargar a uno de sus secretarios de despacho; además, si el alcalde no puede asumir sus funciones o no ha encargado a uno de sus secretarios, el secretario de gobierno será el que asuma el rol de alcalde hasta que el titular pueda volver al cargo o hasta que nombre a uno de los secretarios como alcalde encargado.
Cesar Gómez Castro, publicó en sus redes sociales que, “Teniendo en cuenta que hoy ostento la calidad de Congresista, la Corte Suprema de Justicia es la competente para continuar con investigaciones que se tenía cuando fui Alcalde, soy respetuoso de las instituciones y daré todas las explicaciones que sean necesarias para demostrar que siempre he obrado de buena fe. Mi compromiso es con el Cauca y, desde mi curul, seguiré dándoles voz en el Congreso”.